WordPressとデータベースは切っても切れない関係にあります。使えるデータベースがあるので、自作テーブルをつくって使えるようにしてみます。
投稿ページから自作テーブルにアクセスして、検索ボックスで検索表示出来るようにしてみます。試す場合はローカル環境内にWordPressをインストールして、そこでテストしてください。Pleiades All in OneとXAMPPがお勧めです。WordPressのサイトで実際に試す場合は、あくまで自己責任でお願いします。
WordPressでカスタムフィールドの値をオリジナルのテーブル(DB)に保存する
プラグインとして働き、オリジナルのテーブルを作成して、投稿ページにカスタムフィールドのフォーム「その他の項目」が作られます。エディターの表示オプションで「その他の項目」をチェックして使います。このプラグインに検索用の項目を追加して、検索ボックスで検索出来るようにします。
投稿編集画面です。

自作デモサイトです。
WordPressで使うオリジナルデータベーステーブル
Twenty Twelveの子テーマと、WordPressでカスタムフィールドの値をオリジナルのテーブル(DB)に保存するプラグイン、そしてdb.phpを使っています。
①custom-meta-table.phpは、投稿ページにカスタムフィールド「その他の項目」を作成するプラグインです。これで、投稿ページから’ex_meta’テーブルにアクセス出来ます。custom-meta-table.phpをフォルダcustom-meta-tableに入れzipにします。それをプラグイン新規追加->プラグインのアップロードでインストールします。
custom-meta-table.php

<?php
/*
Plugin Name: Custom Meta Table
Plugin URI: http://www.webopixel.net/wordpress/637.html
Description: カスタムフィールドの値をオリジナルのテーブル(DB)に保存する
Author: k.ishiwata
Version: 0.1
Author URI: http://www.webopixel.net/
*/
class CustomMetaTable {
  //プラグインのテーブル名
  var $table_name;

  public function __construct()
  {
    global $wpdb;
    // 接頭辞(wp_)を付けてテーブル名を設定
    $this->table_name = $wpdb->prefix . 'ex_meta';
    // プラグイン有効かしたとき実行
    register_activation_hook (__FILE__, array($this, 'cmt_activate'));
    // カスタムフィールドの作成
    add_action( 'add_meta_boxes', array($this, 'ex_metabox'));
    add_action ('save_post', array($this, 'save_meta'));
    add_action ('delete_post', array($this, 'dalete_meta'));
  }

  function cmt_activate() {
    global $wpdb;

    $cmt_db_version = '1.02';
    $installed_ver = get_option( 'cmt_meta_version' );
      // テーブルのバージョンが違ったら作成
      if( $installed_ver != $cmt_db_version ) {
        $sql = "CREATE TABLE " . $this->table_name . " (
          meta_id bigint(20) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT,
          post_id bigint(20) UNSIGNED DEFAULT '0' NOT NULL,
          item_search text,
          item_text text,
          price int(11),
          UNIQUE KEY meta_id (meta_id)
        )
        CHARACTER SET 'utf8';";
      require_once(ABSPATH . 'wp-admin/includes/upgrade.php');
      dbDelta($sql);
      update_option('cmt_meta_version', $cmt_db_version);
      }
  }

  function ex_metabox( $post ) {
    add_meta_box(
      'exmeta_sectionid',
      'その他の項目',
      array($this, 'ex_meta_html'),
      'post'
    );
  }
  function ex_meta_html () {
    wp_nonce_field( plugin_basename( __FILE__ ), $this->table_name );
    global $post;
    global $wpdb;

    $get_meta = $wpdb->get_results(
      $wpdb->prepare( "SELECT * FROM
        ".$this->table_name. " WHERE
        post_id = %d", $post->ID
      )
    );
    $get_meta = isset($get_meta[0]) ? $get_meta[0] : null;
    $item_search = isset($get_meta->item_search) ? $get_meta->item_search : null;
    $item_text = isset($get_meta->item_text) ? $get_meta->item_text : null;
    $price = isset($get_meta->price) ? $get_meta->price : null;
    ?>
    <div>
    <table>
      <tr>
        <th>検索文</th>
        <td><input  style="width: 300%;" name="item_search" value="<?php echo $item_search ?>" /></td>
      </tr>
      <tr>
        <th>商品名</th>
        <td><input name="item_text" value="<?php echo $item_text ?>" /></td>
      </tr>
      <tr>
        <th>価格</th>
        <td><input name="price" value="<?php echo $price ?>" /></td>
      </tr>
    </table>
    </div>
    <?php
  }

  function save_meta($post_id) {
    if (!isset($_POST[$this->table_name])) return;

    if ( defined( 'DOING_AUTOSAVE' ) && DOING_AUTOSAVE )  return;
      if ( !wp_verify_nonce( $_POST[$this->table_name], plugin_basename( __FILE__ ) ) )  return;

    global $wpdb;
    global $post;

    //リビジョンを残さない
    if ($post->ID != $post_id) return;

    $temp_item_search = isset($_POST['item_search']) ? $_POST['item_search'] : null;
    $temp_item_text = isset($_POST['item_text']) ? $_POST['item_text'] : null;
    $temp_price = isset($_POST['price']) ? $_POST['price'] : null;

    //保存するために配列にする
    $set_arr = array(
      'item_search' => $temp_item_search,
      'item_text' => $temp_item_text,
      'price' => $temp_price
      );

    $get_id = $wpdb->get_var(
                $wpdb->prepare( "SELECT post_id FROM
                  ". $this->table_name ." WHERE
                  post_id = %d", $post_id)
    );
    //レコードがなかったら新規追加あったら更新
    if ($get_id) {
      $wpdb->update( $this->table_name, $set_arr, array('post_id' => $post_id));
    } else {
      $set_arr['post_id'] = $post_id;
      $wpdb->insert( $this->table_name, $set_arr);
    }
    $wpdb->show_errors();
  }

  function dalete_meta($post_id) {
    global $wpdb;
    $wpdb->query( $wpdb->prepare( "DELETE FROM $this->table_name WHERE post_id = %d", $post_id) );
  }

  function get_meta($post_id) {
    if (!is_numeric($post_id)) return;
    global $wpdb;
    $get_meta = $wpdb->get_results(
      $wpdb->prepare( "SELECT * FROM
        ".$this->table_name. " WHERE
        post_id = %d", $post_id
      )
    );
    return isset($get_meta[0]) ? $get_meta[0] : null;
  }
}
$exmeta = new CustomMetaTable;

②WordPressでは$wpdbというグローバル変数を通してDBの各テーブルにアクセスできます。この$wpdbに自作テーブルを認識させるためには、wp-db.phpの「$tables配列」に’ex_meta’を追加する必要があります。しかし、WordPressをアップグレードすると上書きされるので、wpdb クラスを直接カスタマイズするのはやりたくありません。
wp-content/db.php というファイルは素の WordPress にはないのですが、このファイルを作っておくと wp-db.php をインクルードせずに db.php をインクルードしてくれるようになります。db.phpはFFTPなどでwp-contentのルートにアップロードします。すると、プラグインの一番上の項目にドロップイン(1)が追加されます。これでテーブル ‘ex_meta’にphpでアクセス出来るようになります。
db.php

<?php
require_once( ABSPATH . WPINC . '/wp-db.php' );
class my_wpdb extends wpdb {
    var $tables = array( 'posts', 'comments', 'links', 'options', 'postmeta',
        'terms', 'term_taxonomy', 'term_relationships', 'termmeta', 'commentmeta', 'ex_meta' );
}
if ( ! isset($wpdb) ) {
    $wpdb = new my_wpdb(DB_USER, DB_PASSWORD, DB_NAME, DB_HOST);
}
?>

③フォルダtwentytwelvechild(Twenty Twelveの子テーマ)
style.css

/*
 Theme Name: twentytwelvechild
 Description: twentytwelvechild
 Template:     twentytwelve
 Version:      1.0
*/

functions.php

<?php
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'theme_enqueue_styles' );
function theme_enqueue_styles() {
    wp_enqueue_style( 'parent-style', get_template_directory_uri() . '/style.css' );
    wp_enqueue_style( 'child-style',get_stylesheet_directory_uri() . '/style.css',array('parent-style')
    );
}
?>

sidebar.php

<?php
/**
 * The sidebar containing the main widget area
 *
 * If no active widgets are in the sidebar, hide it completely.
 *
 * @package WordPress
 * @subpackage Twenty_Twelve
 * @since Twenty Twelve 1.0
 */
?>

	<?php if ( is_active_sidebar( 'sidebar-1' ) ) : ?>
		<div id="secondary" class="widget-area" role="complementary">
			<?php dynamic_sidebar( 'sidebar-1' ); ?>
		</div><!-- #secondary -->
	<?php endif; ?>

	 <!-- 製品価格検索フォーム -->
<form class="" id="" role="search" action="./" method="get">
  <div>

  <!-- キーワード入力欄 -->
  <input class="" id="search_box" type="text" name="keyword" placeholder="" value="<?php echo $product_name; ?>" />
  <!-- ボタン -->
  <input id="price-search-button" class="searchsubmit" type="submit" value="検索する" />

  </div>
</form>

<?php
  // 製品名(検索キーワード)
  $product_name = isset($_GET['keyword']) ? $_GET['keyword'] : "";

if(isset($_GET['keyword']) == false && is_single() ){
  	$product_name = get_option( 'sql_input');
  }

  // 検索結果メッセージ
  $message = ( isset($_GET['keyword']) && (!$product_name) ) ? "製品名を入力してください。" : "";

  // wpdbオブジェクト
  global $wpdb;

  // キーワードが設定されているとき
  if ($product_name) {

    // SQL
    $sql = $wpdb->prepare("SELECT p.item_search,p.item_text, p.price, p.post_id FROM $wpdb->ex_meta p WHERE p.item_search LIKE %s", '%'.$product_name.'%' );
    # -> "SELECT p.item_search, p.price FROM wp_products p WHERE p.item_search LIKE '%製品名(検索キーワード)%'"

    // クエリ実行
    $rows = $wpdb->get_results($sql);

    // 検索結果メッセージ
    $message = (!$rows) ? "該当する製品が見つかりませんでした。" : count($rows)."件の製品が見つかりました。";
	  update_option( 'sql_input', $product_name);
  }

  // 製品価格を表示
  if($rows){
    foreach ($rows as $row) {
      //echo "<p>【".$row->item_search."】価格:".$row->price."円".$row->post_id."</p>";
      echo "<a href=?p=".$row->post_id."><p>【".$row->item_text."】価格:".$row->price."円</p></a><br />";
    }
  }
 ?>
 <!-- 検索結果メッセージ -->
<p>
<?php echo $message; ?>
</p>

single.phpへの追加部分は、<h4>カスタムフィールド</h4><div class=”box1″><?php~?></div>までです。これを追加CSSで、.box1 {color: blue;}青色にしています。
single.php

<?php
/**
 * The Template for displaying all single posts
 *
 * @package WordPress
 * @subpackage Twenty_TwelveChild
 * @since Twenty Twelve 1.0
 */

get_header(); ?>

	<div id="primary" class="site-content">
		<div id="content" role="main">

			<?php
			while ( have_posts() ) :
				the_post();
?>

				<?php get_template_part( 'content', get_post_format() ); ?>

<h4>カスタムフィールド</h4>
<div class="box1"><?php
$get_meta = $exmeta->get_meta($post->ID);
$item_text = isset($get_meta->item_text) ? $get_meta->item_text : null;
$price = isset($get_meta->price) ? $get_meta->price : null;
echo '商品名:';
echo esc_html($item_text);
echo ' 価格:';
echo esc_html($price);
?></div>

				<nav class="nav-single">
					<h3 class="assistive-text"><?php _e( 'Post navigation', 'twentytwelve' ); ?></h3>
					<span class="nav-previous"><?php previous_post_link( '%link', '<span class="meta-nav">' . _x( '&larr;', 'Previous post link', 'twentytwelve' ) . '</span> %title' ); ?></span>
					<span class="nav-next"><?php next_post_link( '%link', '%title <span class="meta-nav">' . _x( '&rarr;', 'Next post link', 'twentytwelve' ) . '</span>' ); ?></span>
				</nav><!-- .nav-single -->

				<?php comments_template( '', true ); ?>

			<?php endwhile; // end of the loop. ?>

		</div><!-- #content -->
	</div><!-- #primary -->

<?php get_sidebar(); ?>
<?php get_footer(); ?>

④外観->カスタマイズ->追加CSS

.entry-meta {
    display: none;
}
.nav-single {
  	display: none;
}
.box1 {
color: blue;
}